西二旗站是北京地鐵13號線和北京地鐵昌平線的換乘車站。位于北京市海淀區(qū)上地科技園區(qū)信息路東北面，在13號線上的編號是1306。原13號線上的西二旗站于2002年9月28日13號線西段線路開通時投入使用，在現(xiàn)址南側(cè)，在2010年12月25日，為了配合昌平線開通，西二旗站移往北側(cè)新址，以進行換乘，而老站將保留作他用。昌平線部分于2010年12月30日隨昌平線一期開通投入使用。